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畢赤酵母表達實驗方法.

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一.畢赤酵母表達常用溶液及緩沖液的配制
1.1 各種母液的配制
10*YNB (含有硫酸銨、無氨基酸的13.4%酵母基礎氮源培養基) 4℃保存。34g酵母基礎氮源培養基(無硫酸銨)+100g硫酸銨,溶于1000ml水中,過濾除菌。
500*B     (0.02%生物素 Biotin)   4℃保存 保存期為1年。20mg的生物素溶于100ml水中,過濾除菌。
100*H     (0.4%Histidine 組氨酸) 4℃保存 保存期為1年。400mg的L-組氨酸溶于100ml水中,(加熱至50℃以促進溶解),過濾除菌。
10*D (20%Dextrose 葡萄糖) 保存期為1年。200g葡萄糖溶于1000ml水中,滅菌15min或過濾除菌。
10*M (5%Methanol   甲醇) 保存期為2個月。將5ml的甲醇與95ml水混勻,過濾除菌。
10*GY (10%Glycerol   甘油) 保存期為1年以上。將100ml甘油和900ml水混勻后,高壓滅菌或過濾除菌。
100*AA (0.5% of each Amino Acid,各種氨基酸)   4℃保存 保存期為1年。分別將500mg的L-谷氨酸、L-蛋氨酸、L-賴氨酸、L-亮氨酸和L-異亮氨酸溶于100ml水中,過濾除菌。
1M 磷酸鉀溶液(potassium phosphate buffer,pH6.0),將1mol/L的K2HPO4溶液132ml與1mol/L的KH2PO4溶液868ml混勻,其pH為6.0,如需調節pH,則使用磷酸和氫氧化鉀調節pH。
1.2 常用溶液及緩沖夜
1.2.1 堿裂解法抽提質粒DNA所用溶液:
溶液Ⅰ:50mmol / L glucose,100mmol / L EDTA,25mmol / L Tris-HCI (pH 8.0)
溶液Ⅱ:0.2mol/L NaOH,1% SDS(臨用時配制)
溶液Ⅲ:29.44g KAc,11.5ml Acetic acid,加ddH2O至100 ml。
4℃保存。
1.2.2 10% 甘油 (Glycerol):
將100ml甘油和900ml水混勻后,高壓滅菌或過濾除菌。保存期為1年以上。
1.2.3   Rnase-H2O:
1ul Rnase 加入1ml 滅菌 dd H2O。4℃保存。
1.2.4   TE緩沖液:
10mmol / Tris-CI(pH 8.0), lmmol / L   EDTA(pH 8.0)
1.2.5   STE緩沖液:
0.1mol / L,   10mmol / L Tris-HCl (pH 8.0), 1mmol / L EDTA (pH 8.0)
1.2.6   SCE緩沖液:
1mol / L Sorbitol (山梨醇), 10mmol / L 檸檬酸鈉 , 10mmol / L EDTA
1.2.7   1M potassium phosphate buffer (pH 6.0):
    132 ml 1M   K2HPO4
    868 ml 1M   KH2PO4
1.2.8 50X TAE 瓊脂糖凝膠電泳緩沖液,pH 8.0(1L):
   242 g Tris
   57.1 ml Acetic Acid
   37.2 g EDTA
二.畢赤酵母表達的培養基配制
2.1   LB(Luria-Bertani)培養基:
Trypton     l%
 Yeast Extract 0.5%
 NaCl    l%
 PH 7.0
制作平板時加入 2%瓊脂粉。121℃高壓滅菌 20min。可于室溫保存。用于培養pPICZαA原核宿主菌*0F’時可加入Zeocin 25ug / ml。
2.2   LLB(Low Salt LB)培養基:
Trypton     l%
 Yeast Extract 0.5%
 NaCl     0.5%
 PH 7.0
制作平板時加入 2%瓊脂粉。121℃高壓滅菌 20min。可于室溫保存數月。用于培養pPICZαA原核宿主菌*0F’時,加入Zeocin 25ug / ml,可以4℃條件下保存1~2周。
2.3   YPD (又稱YEPD)
Yeast Extract Peptone Dextrose Medium,(Yeast Extract Peptone Dextrose Medium,酵母浸出粉/胰蛋白胨/右旋葡萄糖培養基)
Trypton    2%
dextrose (glucose) 2%
+agar        2%
+Zeocin 100 µg/ml
液體YPD培養基可常溫保存;瓊脂YPD平板在4℃可保存幾個月。加入Zeocin 100ug / ml,成為YPDZ培養基,可以4℃條件下保存1~2周。
2.4   YPDS + Zeocin 培養基(Yeast Extract Peptone Dextrose Medium):
yeast extract     1%
peptone    2%
dextrose (glucose) 2%
sorbitol    1 M
+agar        2%
+ Zeocin    100 µg/ml
不管是液體YPDS培養基,還是YPDS + Zeocin 培養基,都必須存放4℃條件下,有效期1~2周。
2.5   MGY
Minimal Glycerol Medium (zui小甘油培養基)
(34%YNB;1%甘油;4*10-5%生物素)。將800ml滅菌水、100ml的10*YNB母液、2ml的500*B母液和100ml的10*GY母液混勻即可,4℃保存,保存期為2個月。
2.6   MGYH
Minimal Glycerol Medium + Histidine (zui小甘油培養基 + 0.004%組氨酸)
在1000ml的MGY培養基中加入10ml的100*H母液混勻,4℃保存,保存期為2個月。
2.7   RD
Regeneration Dextrose Medium (葡萄糖再生培養基)
(含有:1mol/L的山梨醇;2%葡萄糖;1.34%YNB;4*10-5%生物素;0.005%氨基酸)
1. 將186g的山梨醇定容至700ml,高壓滅菌;
2. 冷卻后于45℃水浴;
3. 將100ml的10*D、100ml的10*YNB;2ml的500*B;10ml的100*AA等母液和88ml無菌水混勻,預熱至45℃后,與步驟2的山梨醇溶液混合。4℃保存。
2.8   RDH
Regeneration Dextrose Medium + Histidine (葡萄糖再生培養基 + 0.004%組氨酸)
在RD培養基配制的第三步中,在加入10ml的100*H母液,同時無菌水的體積減少至78ml即可,其余配制方法與RD相同。4℃保存。
2.9   RD及RDH平板的制備
1. 將186g的山梨醇和15~20g瓊脂粉定容至700ml,高壓滅菌;冷卻后于60℃水浴;
2. 參照RD/RDH液體培養基配制的步驟4,將100ml的10*D、100ml的10*YNB;2ml的500*B;10ml的100*AA等母液、(10ml的100*H母液)和88(78)ml無菌水混勻,預熱至45℃后,與步驟1的山梨醇/瓊脂液混勻;
3. 迅速制備平板。4℃可保存數月。
2.10   RD及RDH 的TOP 瓊脂的制備(常用于酵母菌的包被)
1.將186g的山梨醇和7.5~10g瓊脂粉定容至700ml,高壓滅菌;冷卻后于60℃水浴;
2.參照RD/RDH液體培養基配制的步驟4,將100ml的10*D、100ml的10*YNB;2ml的500*B;10ml的100*AA等母液、(10ml的100*H母液)和88(78)ml無菌水混勻,預熱至45℃后,與步驟1的山梨醇/瓊脂液混勻;
3.將該TOP瓊脂置于45℃水浴冷卻、保溫,備用。
2.11   MD與MDH
Minimal Dextrose Medium +(Histidine)   zui小葡萄糖培養基 +( 0.004 %組氨酸)
(含有:1.34%YNB;;4*10-5% 生物素;2%葡萄糖)
1. 100ml的10*YNB;2ml的500*B和100ml10*D母液,用800ml的無菌水定容至1000ml即可;
2. 如配制MDH,可在上述的MD中加入10ml的100*H即可;
3. 如配制平板,可無菌水的滅菌前,加入15~20g的瓊脂。4℃可保存數月。
2.12   SOC培養基:
Trypton       l%
Yeast Extract    0.5%
NaCl       0.05%
Glucose (1mol / L)     2%
121℃高壓滅菌 20min,冷卻后,4℃保存
三.主要試驗環節的操作
3.1 酵母菌株的分離純化
接種GS115于5ml YPD液體培養基,30℃,200rpm振蕩過夜,涂布 YPD平板,30℃培養48 小時,用 YNB基本培養基和含His的補充培養基作點種分離純化,挑選在補充培養基生上生長而在基本培養基上不生長的單菌落劃YPD平板,4℃保存。
3.2 pPICZαA原核宿主菌*0F’的活化培養
*0F’做為菌種保存在-70 ℃條件下,在進行擴大培養抽提質粒之前,先要進行活化培養。
接種*0F’于5ml LLB(加入25ug / ml Zeocin)中,37℃,200 rpm ,培養16~18小時。
3.3畢赤酵母表達的試驗方法
3.3.1線狀質粒DNA的脫磷酸化處理
為了防止載體質粒DNA的自身環化,用小牛腸堿性磷酸酶(CIP)處理酶切后的質粒DNA,具體操作如下:
⑴ 建立反應體系:
線性化的質粒     35ul
10x CIP buffer   4ul
CIP              1ul
ddH2O            5ul
——————————————————————————
total     45ul
⑵ 在PCR儀上控制反應溫度(加石蠟油封閉),37℃,15 min ;50℃,15 min;56℃,30 min(滅活)。
⑶ 在56℃未開始前停止,加入proteinse K ,用于滅活CIP,加入試劑如下:
反應物           45ul
10x 5% SDS       7ul
10x EDTA (pH 8.0) 7ul
proteinse K       5ul
 ddH2O           6ul   
———————————————————
  total       70ul
⑷ 純化使用QIAquick spin kit ,按照2.2.3.3步驟進行,20 ul 滅菌ddH2O洗脫純化產物。進行1%瓊脂糖凝膠電泳,120 V, 觀察純化結果,并大約估計DNA濃度。
3.3.2   E.coli *0F’ 感受態細胞的制備及轉化
⑴ 取10 ul *0F’ 菌液,接種于 200ml LB液體培養基中活化培養,37℃ ,200 rpm,16~18小時。取100 ul菌液接種于 200 ml 液體LB培養基中。
⑵ 37℃ ,200 rpm,培養16~18小時。
⑶ 滅菌500 ml 離心管,4℃,4000 rpm,20 min 。得菌體沉淀。棄上清,菌體用10%甘油重懸并洗滌。重復洗滌3次。
⑷ 第三次離心后,棄絕大部分上清,留下約1ml 液體用于重懸菌體。
⑸ 從制得得感受態細胞中,取200 ul于滅菌EP管中,加入連接反應產物 5ul ,混勻,不要產生氣泡,在冰上放置 5 min。
⑹ 將混勻后得200ul菌液移入電擊杯中。
⑺ 使用電擊穿孔儀進行轉化,設置為 電壓 2500 V,時間 5 ms。
⑻ 電擊后,往電擊杯中加入 800ul SOC培養基,沖洗出菌體,轉移至滅菌1.5 ml EP管中。37℃,150 rpm ,輕搖45~60 min。
⑼ 取全部均勻涂布于含 Zeocin 25 ug/ml 的LLB-Zeocin平板上,正放,待涂布液不在流動,37℃ 培養12~16小時。
*注:設空載體做對照。
3.4   畢赤酵母電轉化方法
3.4.1 菌體的準備:
1. 挑取酵母單菌落,接種至含有5ml YPD培養基的50ml三角瓶中,30℃、250~300r/min培養過夜;
2. 取100~500µl的培養物接種至含有500ml新鮮培養基的2L三角搖瓶中,28~30℃、250~300r/min培養過夜,至OD600達到1.3~1.5;
3. 將細胞培養物于4℃,1500g離心5min,用500ml的冰預冷的無菌水將菌體沉淀重懸;
4. 按步驟3離心,用250ml的冰預冷的無菌水將菌體沉淀重懸;
5. 按步驟3離心,用20ml的冰預冷的1mol的山梨醇溶液將菌體沉淀重懸;
6. 按步驟3離心,用1ml的冰預冷的1mol的山梨醇溶液將菌體沉淀重懸,其終體積約為1.5ml;
7. 備注:可將其分裝為80µl一份的包裝冷凍起來,但會影響其轉化效率(2周之內)。
3.4.2 電擊轉化:http://www.cmr6829.com/Login/default.aspx?Stand_DownLoadOperate
8. 將5~20µg的線性化DNA溶解在5~10µl TE溶液中,與80µl的上述步驟6所得的菌體混勻,轉至0.2cm冰預冷的電轉化杯中;
9. 將電轉化杯冰浴5min;
10. 根據電轉化儀提供的資料,參考其他文獻及多次摸索,確定合適的電壓、電流、電容等參數,按優化的參數,進行電擊http://www.cmr6829.com/Login/default.aspx?Stand_DownLoadOperate
11. 電擊完畢后,加入1ml冰預冷的山梨醇溶液將菌體混勻,轉至1.5ml的EP管中;
12. 將菌體懸液涂布于MD或RDB平板上,每200~600µl涂布一塊平板;
13. 將平板置于30℃培養,直至單個菌落出現。
推薦:電壓1.5kV;電容25µF;電阻200Ω。電擊時間為4~10msec。

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